Réuni trimestriellement, le Comité de pilotage définit les objectifs du RDT Auvergne et s'assure de leur réalisation.

Le principe de fonctionnement du RDT a été défini selon la métaphore suivante : le Comité de pilotage est le maître d'ouvrage du réseau, la cellule d'animation en est le maître d'œuvre.

Suite à une recommandation nationale (rapport Edaw de 1999), la Présidence du Comité de pilotage est tournante avec périodicité de 1 an.

Année 2000 : Peng Huot Ly, Délégué régional OSEO
Année 2001 : Franck Alcaraz, Chef de la mission action économique du Conseil régional
Année 2002 : Philippe Guignard, Directeur de la DRIRE Auvergne
Année 2003 : Alain Vergne, Délégué Régional à la Recherche et à la Technologie
Année 2004 : Peng Huot Ly, Délégué régional OSEO

Année 2005 : Jacques Mizoule, Conseil Régional, Vice-Président chargé du Développement économique et de l'économie sociale et solidaire

Année 2006 : Alain Teissier, Directeur de la DRIRE Auvergne
Année 2007 : Christian Quéré, Directeur régional OSEO
Année 2008 : Marc Richetin, Délégué Régional à la Recherche et à la Technologie
Année 2009 : Jacques-Bernard Magner, Vice-Président du Conseil Régional d'Auvergne, en charge du développement économique et de l'économie sociale et solidaire
Année 2010 : Serge Ricard, Directeur régional de la DIRECCTE

Selon les directives nationales, les principales responsabilités des partenaires institutionnels sont les suivantes :

- OSEO : suivi technique de l'action courante du RDT
- DRIRE : articulation entre actions ciblées RDT et actions collectives
- DRRT : articulation avec l'offre publique de compétences